Savaş Şehri Turnuvası henüz yeni bitmiştir ve Yugi 3 tanrı kartınada sahip olmuştur.Fakat Kaiba'nın Yugi'yi yenme isteği hala devam etmektedir ve karşısındaki en büyük engel tanrı kartlarıdır.Kaiba tanrı kartlarını yenmenin bi yolunu bulmak için kartların yaratıcısı Maximillion Pegasus'tan bilgi almak ister.Fakat kötü bir ruh artık uyanmaya başlamıştır ve Pegasus'un kartlarına sızar.Böylece Yugi'nin yeni macerası başlar. Karakterler:
Anubis:Yıkımın Tanrısı Anubis, Yami Yugi'den aldığı yenilginin intikamını almak ister. Kaiba'yı ve Pegasus'u intikamını almak için kullanır.Önemli kartları Andro Sphinx,Sphinx Teleia ve Pyramid of Light'tır.
Yugi Muto:Serininde ana karakteri olan Yugi, filmindede ana karakter olarak bulunmakta.Kartları Savaş Şehri Turnuvası'ndan sonraki halinde filmde görülmektedir.
Dark Yugi(Yami Yugi):Yugi'nin Milenyum Bulmacası içinde yaşayan eski mısır firavunlarından birinin ruhudur.Duellolarda Yugi'den çok Yami savaşmaktadır.Her nekadar Yami savaşlarda ön planda olsada Yami ve Yugi birbirlerinin eksik yönlerini tamamlamaktadır.
Seto Kaiba:Yugi'nin ezeli rakibi ve Kaiba Corp.'un sahibi olan Kaiba'nın kaderi günümüzde ve geçmişte kesişmektedir.Her nekadar serinin başlarında kötü bir karakter olarak çıksada daha sonra iyilerin yanına geçmiştir.Filmde ise ne iyi ne kötü denilebilecek bir rolü vardır.Savaş Şehri Turnuvası'nın kurucusudur.Özellikle kendi yaptığı turnuvada Yugi'ye yenilmesi üzerine Yugi'yi yenme arzusu artmıştır.Artan intikam arzusu Kaiba'yı Anubis için kolay bir hedef haline getirmiştir.